Στα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας ο πληθυσμός της Θεσσαλονίκης ενισχύθηκε με μουσουλμάνους από την περιοχή των Γιαννιτσών και με Εβραίους που είχαν διωχθεί από τη Δυτική Ευρώπη. Σταδιακά λοιπόν δημιουργήθηκαν τρεις μεγάλες κοινότητες (Μουσουλμανική, Εβραϊκή, Χριστιανική) που αρχίζουν να οριοθετούν άτυπα σύνορα μεταξύ τους. Οι Μουσουλμάνοι εγκαταστάθηκαν στην Άνω Πόλη και την Ακρόπολη για να αποφύγουν τις ανθυγιεινές ξυλοσκέπαστες γειτονιές και να έχουν την εποπτεία του υπόλοιπου πληθυσμού. Τα σπίτια τους χτίστηκαν στραμμένα προς τον Θερμαϊκό χωρίς ρυμοτομία, στοιχείο της Άνω Πόλης που επιβιώνει μέχρι σήμερα. Οι Χριστιανοί ζούσαν στο ανατολικό τμήμα του κέντρου κατά μήκος της σημερινής Εγνατίας, γύρω από τις προϋπάρχουσες εκκλησίες. Οι Εβραίοι εγκαταστάθηκαν στην περιοχή της αγοράς από την παραλία ως το ύψος της Εγνατίας, στο νοτιοδυτικό τμήμα της πόλης. Η περιοχή ήταν η πιο ανθυγιεινή χωρίς νερό και καθαριότητα. Οι κατοικίες τους ήταν ξύλινες και συχνά ξεσπούσαν πυρκαγιές που τα κατέκαιγαν. Τα καλοκαίρια ξεσπούσαν επιδημίες που προκαλούσαν χιλιάδες θανάτους. Ανάμεσα στην ελληνική και εβραϊκή συνοικία, εκεί που βρίσκεται η αρχαία αγορά σήμερα μέχρι την Εγνατία, δημιουργήθηκε μια άλλη συνοικία αργότερα, των Ντονμέδων (εξισλαμισμένοι Εβραίοι).
Οι λίγοι Ευρωπαίοι υπήκοοι, πρόξενοι, υπάλληλοι προξενείων και έμποροι, ζούσαν στην περιοχή που σήμερα είναι γνωστή ως Φραγκομαχαλάς. Στην περίοδο της τουρκοκρατίας σταδιακά, οι παλιές βυζαντινές εκκλησίες μετατράπηκαν σε τζαμιά. Εκτός από τα τζαμιά μεγάλη σημασία για τους μουσουλμάνους είχαν οι τεκέδες, θρησκευτικά ιδρύματα όπου ζούσαν οι δερβίσηδες.
Πολύ σημαντικά για την κάθαρση των πιστών μουσουλμάνων ήταν τα Λουτρά. Τα πρώτα λουτρά χτίστηκαν από τον Μουράτ, τα γνωστά λουτρά Παράδεισος. Είναι διπλά λουτρά για άνδρες και γυναίκες με ξεχωριστές εισόδους. Ήταν σε λειτουργία μέχρι το 1968.
Άλλα τουρκικά μνημεία:
_ Μπεζεστένι: σκεπαστή κλειστή αγορά επί της οδού Βενιζέλου. Χτίστηκε στα τέλη του 15ου αιώνα από τον Βαγιαζήτ Β΄. Εκεί γινόταν εμπόριο χρυσού, μεταξωτών και άλλων πολυτελών υφασμάτων και αντικειμένων.
_ Το Αλατζά Ιμαρέτ που λειτουργούσε ως πτωχοκομείο.
ΤΑ ΤΕΙΧΗ
Η πρώτη οχύρωση της πόλης ανάγεται ήδη στον Κάσσανδρο (3ος π.Χ. αι.) Αργότερα, μετά τη ρωμαϊκή κατάκτηση, τα τείχη παραμελήθηκαν εξαιτίας της μακροχρόνιας pax romana. Τον 3ο αιώνα μ.Χ. χτίστηκαν εκ νέου οχυρώσεις για την προστασία της πόλης από τους Γότθους. Χρησιμοποιήθηκαν υλικά από τα προηγούμενα οικοδομήματα. Το οχυρωματικό αυτό τείχος, πλάτους 1,65 μ. με τετράγωνους πύργους, απέκρουσε δύο επιθέσεις των Γότθων, το 254 και το 268.
Στο τέλος του 4ου αιώνα ανεγείρεται δεύτερο τείχος εξωτερικά του προηγούμενου με τριγωνικές προεξοχές. Το σήμερα σωζόμενο τείχος χτίστηκε από το τέλος του 4ου αιώνα έως τα μέσα του 5ου αιώνα, ενώ ένα επόμενο πρόγραμμα βελτίωσης του τείχους υλοποιήθηκε κατά τον 7ο αιώνα από τον Ηράκλειο, για την αντίσταση της πόλης στις επιθέσεις των Αβάρων. Τα βυζαντινά τείχη συντηρήθηκαν και επεκτάθηκαν και κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Οι κυκλικοί πύργοι είναι αυτής της περιόδου.
_ Λευκός Πύργος: ο πιο διάσημος πύργος της Θεσσαλονίκης, έμβλημα της πόλης, ή αλλιώς Πύργος του αίματος, χτίστηκε ως φυλακή το 1535 και ένωνε το Ανατολικό με το Νότιο τείχος. Φριχτά βασανιστήρια και θανατώσεις περίμεναν εκεί τους φυλακισμένους σε καθημερινή βάση.
Το 1873 αρχίζει η σταδιακή κατεδάφιση του θαλάσσιου τείχους. Ο καθαρός αέρας συμβάλλει στη βελτίωση των συνθηκών διαβίωσης στην πόλη, ενώ γίνεται δυνατή η κατασκευή του πρώτου τεχνητού λιμανιού. Σήμερα τα εναπομείναντα τείχη της πόλης έχουν χαρακτηριστεί Μνημείο Παγκόσμιας Πολιτισμικής Κληρονομιάς από την UNESCO.
Το 1917 είναι μια χρονιά μεγάλης σημασίας για την πόλη. Στα χρόνια που προηγήθηκαν λόγω της μεγάλης οικονομικής ανάπτυξης και της συρροής μεταναστών από τα Βαλκάνια, ο πληθυσμός αυξήθηκε κατά 70%. Για να καλυφθούν οι ανάγκες των νέων κατοίκων η πόλη επεκτείνεται προς τα Δυτικά (έξω από τη δυτική είσοδο) και στην ανατολική πεδιάδα της Καλαμαριάς. Στο κέντρο, η ανάγκη στέγασης νέων επαγγελματικών δραστηριοτήτων επιβάλλει την αλλαγή της αρχιτεκτονικής κατεύθυνσης. Μεγάλα κτίρια παίρνουν τη θέση των παραδοσιακών σπιτιών. Χτίζονται μεγάλα ξενοδοχεία, τράπεζες, θέατρα, εργοστάσια, αποθήκες. Το 1917 όμως ξέσπασε μια πυρκαγιά που κατέστρεψε μέσα σε 32 ώρες το μεγαλύτερο μέρος του ιστορικού κέντρου. Κτίρια σπάνιας αρχιτεκτονικής καταστράφηκαν τότε ολοσχερώς.
Η σύγχρονη πόλη ανασχεδιάστηκε από το 1917 ως το 1950, ως μια μοντέρνα και λειτουργική πόλη, που ελάχιστη σχέση διατηρεί με την παλιότερη εικόνα της. Στον ανασχεδιασμό πρωτοστάτησε μια ομάδα αρχιτεκτόνων με επικεφαλής τον Γάλλο αρχιτέκτονα Ερνέστ Εμπράρ. Οι σχεδιαστές επέλεξαν ως πρότυπό τους το Βυζάντιο. Η τέλεια εφαρμογή ωστόσο αυτού του σχεδίου εφαρμόστηκε μόνο στην οδό Αριστοτέλους και στις πλατείες Αριστοτέλους και Ελευθερίας.
Εκτός από τα Βυζαντινά τείχη της πόλης, εκείνο που προσδίδει ιδιαιτερότητα στον χαρακτήρα της είναι τα χριστιανικά μνημεία της που χρονολογούνται από την Παλαιοχριστιανική εποχή (4ος αι. μ.Χ.) έως και την Υστεροβυζαντινή περίοδο (13ος-14ος αι. μ.Χ.) και που μαζί με τα Βυζαντινά Τείχη (4ος και 5ος αι. μ.Χ.) και τα Βυζαντινά Λουτρά (14ος αι. μ.Χ.) το 1988 εντάχθηκαν στον κατάλογο Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO.
Ροτόντα: ναός του Αγίου Γεωργίου (4ος αιώνας). Θολωτό κυκλικό κτίσμα, παρόμοιο με το Πάνθεον της Ρώμης.
Ναός της Παναγίας Αχειροποιήτου: (5ος αιώνας) Σώζεται σήμερα ακριβώς στην ίδια μορφή που κατασκευάστηκε, γεγονός που την καθιστά μοναδική στην ανατολική Μεσόγειο.
Ναός του Οσίου Δαυίδ (μονή Λατόμου, 6ος αι.)
Ναός του Αγίου Δημητρίου: (7ος αι.) πεντάκλιτη βασιλική.
Ναός της Αγίας Σοφίας (8ος αι.) βασιλική με τρούλο.
Ναός της Παναγίας Χαλκέων: (11ος αι.) εγγεγραμμένος σταυροειδής με τρούλο.
Ναός της Αγίας Αικατερίνης: (13ος αι.) τετρακιόνιος σταυροειδής εγγεγραμμένος (αθωνικός ή αγιορείτικος).
Μονή Βλατάδων (14ος αι.)
Ναός του Σωτήρος (14ος αι.)
Ναός του Προφήτη Ηλία (14ος αι.)
Ναός των Αγίων Αποστόλων: (14ος αι.) Πεντάτρουλος τετρακιόνιος εγγεγραμμένος με περίστωο.
Ναός του Αγίου Παντελεήμονα (14ος αι.)
Ναός του Αγίου Νικολάου του Ορφανού: (14ος αι.) Μονόχωρη ξυλόστεγη βασιλική με περίστωο.
